Поразка тонкого кишечника спостерігається при багатьох системних і ендокринних захворюваннях, наприклад склеродермії. При деяких захворюваннях ураження тонкої кишки розвивається в результаті супутніх порушень імунітету, наприклад цукровому діабеті, або в результаті первинних порушень моторики кишечника і процесів всмоктування (при гіпертиреозі). Приєднується пізніше дисбактеріоз посилює порушення всмоктування. Синдром мальабсорбції спостерігається при ряді шкірних захворювань — псоріазі, екземі та ін. Зазвичай він виражений незначно і може бути виявлений лише при спеціальному обстеженні.