Мазки і культури мокротиння досліджуються на визначення інфекції (наприклад, пневмонія, туберкульоз, гриби), зразки мокротиння на війчасті клітини, макрофаги,
Проводиться визначення клітинних елементів:
— нейтрофіли, якщо у пацієнта нейтропенія , то присутній гостре запалення, — монобактеріальная популяція, якщо викликана бактеріальною інфекцією, — гостре запалення без виявлення бактеріальної причини може бути викликаноLegionella або ріносінцітіальним вірусом, або вірусом грипу .
Контамінація слини може відображати наявність десквамированного епітелію, внеклеточное наявність стрептокока, анаеробних актиноміцетів, кандид, дріжджових клітин, псевдогіфи. Для анаеробної аспірації необхідна пункційна аспірація або альвеолярний лаваж.