Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) — метод полягає в багаторазовому збільшенні (ампліфікації) кількості ДНК виявляється мікроорганізму. Розробка варіантів ПЛР для діагностики сифілісу обумовлена ​​недостатністю стандартних тестів при ранньому серонегативном, природженому сифілісі і нейросифилисе. ПЛР є чудовим методом для діагностики сифілісу при невеликій кількості трепонем в досліджуваному матеріалі. Великою перевагою ПЛР є можливість автоматизації реакції шляхом заданого циклічного температурного режиму для обумовленою за рахунок мічених праймерів кольорової реакції.

Залишається нез'ясованим питання — чи відображає наявність трепонемной ДНК присутність життєздатних трепонем або це можуть бути залишки загиблих мікроорганізмів, що містять здатну до ампліфікації.

Застосування ПЛР може мати велике значення при діагностиці вродженого сифілісу (пасивний трансплацентарний перенесення антитіл не впливає на результати тесту), нейросифілісу, первинного серонегативного сифілісу (в даний час єдиним критерієм є пряме мікроскопічне виявлення трепонем), а також у хворих , у яких діагностика сифілісу за допомогою звичайних серологічних реакцій утруднена через інфікування ВІЛ.

Об'єктом дослідження в усіх серологічних реакціях може бути спинномозкова рідина. Її досліджують також на наявність білка, формені елементи, глобуліновие реакції, а також ставлять реакцію з колоїдним золотом — реакцію Ланге. Мінімальна патологія в лікворі наступна: білок, починаючи з 4%, цитоз — з 8 клітин в 1 мм 3, глобуліновие реакції — реакція Нонні-Аппельта з 2+, р. Панді з 3+, реакція Ланге — більше двох двійок, і позитивна реакція Вассермана.

Позитивні результати реакції Вассермана зі спинномозковою рідиною розглядають як доказ наявності сифілісу, негативна реакція не виключає сифіліс.

Для дослідження спинномозкової рідини застосовують і ІБТ і РИФ. За специфічності ІБТ значно поступається РИФ.